一、我国证券所得税存在的问题
目前，我国对证券所得课税方面存在着机制不规范，账务处理规定不明确等问题，影响了证券业的发展，主要表现在几个方面：
1.对证券投资所得缺乏避免重复征税的机制。一是对已分配利润的重复征税。我国《企业所得税法》规定，企业不允许从应税利润中扣除向股东支付的股息。这样，一笔利润先要缴纳33％的企业所得税，然后公司运用税后利润进行分红派息时，这部分股息和红利还要征收20％的个人所得税。如果这部分税后利润分配到法人股东手中，可以享受境内投资收益的税收抵免，不会发生重复征税。但是如果这部分利润继续分配到个人手中，仍会发生重复征税的问题。
二是对未分配利润的重复征税。国家税务总局规定，不论企业会计账务中对投资采取何种方法核算，被投资企业会计账户上实际做利润（包括以盈余公积金和未分配利润转增资本）时，投资方企业应确认投资所得的实现。也就是说，即使被投资企业的利润未进行股息、红利的分配，利润保留形成的资本增值一旦实现为资本利得或转增资本，投资方依然要将之作为投资收益和转让收益计入应纳税所得额缴纳企业所得税。一笔利润在交纳33％的企业所得税后，如果不进行分配，也会存在因利润留存所形成的资本利得被再次课税的可能。
2.对证券资本利得的税务处理不明确。目前，我国对个人取得的股息红利征收个人所得税，对上市公司股票转让所得暂不征收个人所得税。这样不利于鼓励股民进行中长期的股票投资，使得股民注重短线炒作，赚取资本利得，使股票市场投机风强盛。另外，虽然我国企业所得税法明确规定对转让有价证券，股权等的财产转让所得征收企业所得税，但是外商投资企业和外国企业所得税法却未规定对国外投资者从我国B股市场交易而取得的资本利得是否征税，这实际上是放弃了部分税收管辖权，不利于维护国家的财政利益。
3.新兴证券业务所得课税不完善。一是股票期权课税滞后。2000年初财政部决定在部分高新技术企业对经营者或科技骨干实施“股票期权制”试点，并确定了中国联通，联想等九家企业作为首批试点企业，股票期权开始正式在我国推行。目前，对于股票期权引起的税收问题，国内没有明确的规定。在具体操作中，主要是参照1998年1月20日国家税务总局发布的《关于个人认购股票等有价证券而从雇主取得折扣或补贴收入有关个人所得税问题的通知》来执行。该《通知》主要存在两点不足：首先没有明确规定股票期权的所得来源地。国家税务总局规定，对外籍人员“个人停止在华履约或执行职务离境后收到的属于在华工作期间的所得，也应确定为来源于我国的所得，但该项工资薪金性质所得未在中国境内的企业或机构，场所负担的，可免予扣缴个人所得税”。而现实中，上市公司特别是大的跨国公司，外籍人员在华履约或执行职务期间一般都能获得股票期权，这些人员在华时间较短，按税法判定一般都属于“无住所个人”，对此予以免税，税收流失很大，也不符合国际惯例。其次没有明确规定股票期权的获得人应在哪些环节缴纳个人所得税。国家税务总局只对个人认购股票等有价证券而从雇主取得折扣或补贴收入有关个人所得税征收的问题作了规定。而股票期权是一种权利而非义务，被授予人有选择放弃或实施在未来获得股票的权利，其收益具有不确定性，即被授予人在行权和出售股票时都有收益，再加上各上市公司的股票期权计划所规定的条件不尽相同，导致了被授予人不知在哪个环节负有纳税义务、按什么缴纳个人所得税以及对以“虚拟股票期权‘而获得的股票价格上涨的差价收益如何纳税，这些均未做出规定。
二是投资基金所得课税存在的问题。首先，总体税负过重，不利于基金发展。按照现行的投资基金税收的实际操作，投资基金管理公司需缴纳所得税，投资者为个人时缴纳的所得税税率为20％，投资者为法人时缴纳的企业所得税税率为33%.另外，对投资基金管理公司取得的基金管理费等业务收入还需按5％的税率缴纳营业税。其次，对基金赎回行为的调节功能有限。开放式基金的投资者可以随时要求基金管理人赎回基金单位，在国外为防止投资者频繁地申购、要求管理人赎回基金，主要是运用税收机制来加以调节。而税收机制的自动调节主要是通过划分长期和短期资本利得来实现的。我国资本利得税尚未开征，其他税种无法起到类似作用，所以税收机制对基金赎回行为的调节功能十分有限。第三，存在明显的重复课税现象。投资基金是收益的创造者，而投资者又是收益的取得者。表面上看，投资基金管理公司和投资者都应纳税，但若从税源上来看，投资基金管理公司创造的利益和投资者获得收益都来源于信托资产，信托资产的所有权属投资者，投资基金管理公司只是属于代理机构，它对所经营的信托资产并无所有权。因此，投资基金税收在实际操作中，既对投资基金管理公司获得的收益征收企业所得税，又对投资者征收所得税，对作为信托资产所有人的投资者来说等于纳了两次税，存在明显的重复课税现象。
二、完善我国证券所得课税的对策
（一）借鉴国际经验，消除重复征税。针对重复征税问题，世界各国在税制选择上大致有两种做法，一是独立课税制（以美国为主），根据法人实在说理论，认为公司为有独立纳税能力的纳税主体。公司所得课征公司所得税以后，其盈余分配给股东需再征个人所得税，两税分别独立并无关联。二是合并课税制（以欧洲国家为主），根据法人虚拟说理论，认为公司法人仅为法律的虚拟体，无独立的纳税能力，仅作为将盈余传送至股东的导管，故公司阶段的所得与股东阶段的股利应仅课征一次税，这就是所谓的“两税合一”制。
鉴于目前我国所得税在整个税收收入中的比重偏低，收入分配差距过大，同时考虑刺激投资这一宏观政策目标，可实行“两税合一”制。一方面可对法人实行“免税法”，即当法人从投资的股份制企业获得股息时，若发行股票的企业用于发放股息的那部分所得已缴过企业所得税，则免于征税，另一方面，可对个人实行“抵免法”。即当个人股东收到股息或红利时，按个人所得税法规定计税，然后从其个人应纳的所得税中扣除这笔股息或红利在股份制企业缴纳企业所得税时已支付的税款。
（二）谨慎开征资本利得税。从世界各国的税收实践来看，证券市场成熟的发达国家开征资本利得税的比较多，如美国，英国，德国、日本等。一些新兴的工业化国家和地区很少开征此税，但其中的大部分国家和地区都把资本利得税列入“储备税种”，即在未来选择适宜时机开征。我国证券市场与上述新兴国家和地区的证券市场比较相似。考虑到我国证券市场建立的时间短，投资者心理承受风险的能力比较弱，一级市场中存在的诸多不规范行为甚至违规违法行为等，暂不开征资本利得税为宜。但是，从长远来看，开征资本利得税是大势所趋，它对于完善证券市场税制体系，防止纳税人将其他所得转化为资本利得以逃避税收，鼓励中长期投资，调节日益增大的贫富差距，增加财政收入等均具有重要意义。
（三）完善与新兴证券业务所得相关的税收法规
1.股票期权所得课税。一是明确收入来源地。应依照发生地原则即股票期权被授予人在我国是否行权判定所得来源地，在我国出售股票而无论在哪里取得都应视为在我国的所得征收个人所得税（有税收协定的除外）：在我国购买股票期权计划的股票并在我国出售的应依差价收入缴纳个人所得税，但在华期间购买、被授予人离华工作的，按国际惯例应以市价计算确定其个人应税所得额，征收个人所得税。二是对期权进行适当分类，分别确定纳税义务发生的时间和适用税率。根据期权授予的目的可划分为激励性股票期权和非激励性股票期权，根据持有时间的长短可以划分为长期期权和短期期权。对于激励性期权和长期期权的纳税义务发生的时间为纳税人出售股票之后，应征收较低税率。对于非激励性期权和短期期权，纳税人在行权时的收益按照公司薪金所得纳税，转让时的所得按照获得的资本利得征税。三是关于股票期权行权价格的确定。对于上市公司而言，股票期权的行权价格不能低于股票期权授予日公开市场上普通股的每股公平市价。为防止授予人为操纵股价以获得较低行权价，税法可规定行权价为一段时间（如30天）以上的市场平均价格。非上市公司行权价确定的难度比较大，因为其股票期权行权价的确定没有相应的股票市场价格作为定价基础。因此，对非上市公司的股票期权行权价格可以税务机关认可的资产评估机构、证券评估机构确定的或税务机关认定的行权价为依据，参照国外利用数学模型进行计算的办法来确定。2.投资基金所得课税。从国外投资基金的税收政策来看，一般都规定投资基金公司是免税的，投资者根据各收益情况缴纳所得税。根据我国具体情况，本着公平及有利于投资基金健康发展的原则，对完善我国投资基金所得课税提出以下几点建议；一是对基金管理公司免征营业税。投资基金管理公司本来就是一个代人理财的机构，属于投资者进人证券市场的中介组织。对基金管理公司征收所得税是国际上一贯的做法，但很少有国家对基金管理公司征收营业税或相关税种。因此，为了提高我国基金管理公司的竞争力，应对基金管理公司免征营业税，以鼓励我国基金业的发展。二是对基金收益实行优惠的所得税税率政策。投资基金的投资者分为个人和法人两种。为鼓励社会储蓄资金向证券市场流动，培养投资者对投资基金投资的积极性，建议对个人投资于投资基金的收益征收个人所得税的税率水平确定在15％ -20％之间，对法人投资者从投资基金获得的收益征收企业所得税的税率确定在28％一33％的水平。这是因为目前我国投资基金正处于发展初级阶段，确定较低的税率有利于引导储蓄资金向投资基金流动，有利于发挥投资基金证券市场“稳定器”的功能，促进证券市场的进一步发展和完善。从长远来看，投资者对投资基金投资比例的增加会使投资基金的总体收益增加，从而弥补了税率较低带来的税收额的减少，从总体上增加国家税收收入。
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